Ab dem 18. Jahrhundert begann sich die Missionstheologie als selbständige theologische Disziplin herauszubilden, so wie sich auch Missionsgeschichte als universitäre Disziplin neben der allgemeinen Kirchengeschichte etablierte. Besonders im 19. Jahrhundert, das als das „Jahrhundert der Weltmission" in die Geschichte einging, entstanden eine Reihe größerer theologischer Entwürfe (Walter Freytag, Gustav Warneck u.a.), die sich die Darstellung einer umfassenden „Missionstheologie“ zum Ziele gesetzt hatten.

Verbunden war damit auch das Anliegen, den auszusendenden Missionaren, die in entsprechenden Seminaren der entstehenden Missionsgesellschaften vorbereitet wurden, ein theologisches Fundament für ihre zukünftige Arbeit zu vermitteln. Hintergrund der europäischen Missionsbewegung ist die in pietistischer Frömmigkeit gegründete Erweckungsbewegung, die ein universal ausgerichtetes Verständnis der christlichen Gemeinschaft hervorbringt.

Mit der Herausbildung der Missionstheologie als universitärer Disziplin stellt sie sich nach und nach theologisch und wissenschaftlich auf breitere Füße. Weitere Themen wie der Dialog mit anderen Religionen, die ökumenischen Fragen des Umgangs mit anderen christlichen Kirchen und Konfessionen und die Selbständigwerdung Kirchen in den früheren Missionsgebieten beeinflussen die missionstheologischen Reflexionen. Nicht zuletzt die kritische Auseinandersetzung mit dem Kolonialismus sowie post-koloniale Diskurse and Theorieansätze sind heute themensetzend.

In den 1960er Jahren bewirkt der Begriff „Missio Dei“ einen Einschnitt in der Missionstheologie: "Mission" wird nicht mehr als ein Handeln der Kirche, sondern als Wirken Gottes verstanden, dem die Kirche dienlich ist. Ziel dieses Wirkens Gottes ist die Welt. Im Gefolge dieser Änderung der Blickrichtung setzt sich Missionstheologie heute auch mit Fragen der Globalisierung, Klima- und Ernährungsgerechtigkeit, sowie Politik- und Wirtschaftsfragen auseinander, die in starkem Maße die Kernstücke der Missions-, Schöpfungs- und  Reich-Gottes-Theologie berühren.

Von Beginn an sah sich die Leipziger Mission in besonderer Weise der Missionstheologie verpflichtet. Ihr Umzug von ihrem Gründungsort Dresden nach Leipzig im Jahr 1848 ist der engen Zusammenarbeit mit der universitären Forschung verpflichtet. Entsprechend sorgte sie für eine qualitativ hochwertige wissenschaftliche Ausbildung ihrer Mitarbeiter*innen im Verkündigungsdienst. Die Entsendung von wissenschaftlich ausgebildeten Missionar*innen bildet das historische Profil der Leipziger Mission. Bis heute hat sich diese Zusammenarbeit mit der theologischen Fakultät der Universität Leipzig in Form regelmäßiger Lehrveranstaltungen bewahrt. Darüber hinaus unterstützt das Leipziger Missionswerk die theologische Ausbildung in den Partnerkirchen in Tansania, Indien und Papua Neuguinea.