Das höchste beschlussfassende Organ der EMW ist die Mitgliederversammlung. Sie tritt einmal im Jahr zusammen und legt die Leitlinien und Schwerpunkte der Arbeit der EMW fest. Sie beschließt über „Gemeinschaftsaufgaben“ der Dach- und Fachorganisation. Die Mitgliederversammlung wählt alle sechs Jahre den Vorstand der EMW.
Der Vorstand der EMW tagt drei Mal pro Jahr. Er legt die Ziele und Arbeitspläne der EMW im Rahmen der von der Mitgliederversammlung aufgestellten Leitlinien und Schwerpunkte fest, bereitet die Sitzungen der Mitgliederversammlung vor und legt u.a. einen Geschäftsbericht vor. Der Vorstand hat 15 Mitglieder. Landessuperintendent Dietmar Arends, Lippische Landeskirche, hat den Vorsitz seit 2018 inne.
Dem Direktor der EMW obliegen die Geschäftsführung des Vereins und die Leitung der Geschäftsstelle. Seit Dezember 2019 nimmt Rainer Kiefer diese Aufgabe wahr. In der Geschäftsstelle in Hamburg unterstützen Verwaltung und Fachreferate Mitgliederversammlung, Vorstand und Direktorat, um Ziele und Aufgaben des Vereins umzusetzen.